目前，中国医疗污水处理工艺以物理处理技术、微生物处理技术、化学处理技术为主，其中化学处理技术较为普遍。
一、物理处理技术
1、沉淀过滤法
沉淀过滤法是医疗废水物理处理的主流技术，其原理是利用医疗废水中悬浮污水的密度和污染物不同，按照重力沉浮的原理，把医疗污水中的悬浮物分离出来。过滤法的过滤介质有钢条、筛网、砂布、塑料、微孔管等。常用的过滤设备有格栅、栅网、微滤机、砂滤机、真空滤机、压滤机等；
2、离心分离方法
离心分离方法是将含有悬浮污染物质的污水高速旋转，悬浮颗粒和污水受到的离心力大小不同而被分离。根据离心力产生的方式，设备可分为由水流本身旋转产生离心力的旋流分离器，由设备旋转同时也带动液体旋转产生离心力的离心分离机。旋流分离器分为压力式和重力式两种。但由于离心分离机具有体积小、单位容积处理能力高的优点，因此广泛用于轧钢污水处理及高浊度河水的预处理。
医疗污水处理二、微生物技术
1、生物接触氧化法
生物接触法是介于生物滤池和活性污泥法之间的生物膜法。在接触生物氧化池内设有填料，在填料表面附着着以生物膜形式存在的微生物，利用生物膜和充分供应的氧气对废水中的有机物进行氧化分解，最终达到净化水质的效果。该种方法具有高效节能、占地小、运行方便等特点；
2、膜生物反应器处理
膜生物反应器处理属于较常见的方法，其主要是把生物处理单元和膜分离单元结合起来的一种新型的水处理技术，此技术用膜组件来代替传统的二沉池，能够实现固体和液体的有效分离，防止出现污泥膨胀、水质不稳定的情况。膜生物反应器处理办法具有水处理效率高、防止二次污染、密封性强、占地少、成效快的特点，是目前医疗废水处理采用的主流技术。
三、化学消毒法
医疗污水以化学消毒为主，其主要包含氯化消毒、氧化剂消毒、辐射消毒、生物滤池消毒，氯化消毒、氧化消毒是目前较为普遍的化学消毒技术。
1、氯化消毒法
①液氯作为一种普遍的消毒剂，广泛应用在各个领域。其特点是工业液氯来源广泛且加氯消毒的一次性设备投资和运行费用较低，消毒效果比较稳定，设计经验成熟；
②二氧化氯发生器无论是在安装还是使用方面都具有很多优越性，医院医疗污水处理的有效产品之一。医疗污水使用二氧化氯进行消毒可以有效除去失活病毒、隐孢子虫等，且二氧化氯消毒不受PH值影响，不形成氯仿等有机卤代物；
③次氯酸钠处理医疗污水有两种处理方式：一种是采用投加漂白粉对医疗污水进行处理。该方法费用低、简便易行，适合于患者人数相对较少、废水成分相对简单且产生医院；另一种是根据污水中污染物的种类、数量实现自动计量投配消毒药剂，使处理效果比较稳定。此种方法适合于地市级以上患者人数较多、废水产生量较大、成分医院的污水处理。
2、氧化剂消毒法
臭氧属于高效消毒剂，具有刺激性气味。臭氧能够有效降解有机物，破坏分解细菌的细胞，最终杀死细胞。经过臭氧处理后，除菌率高达99.%-99.%，亚硝酸盐类去除率为79.5%，色度的去除率为77%。臭氧杀菌彻底且不受外界环境影响。但臭氧消毒也存在一定局限性，臭氧化学性质不稳定，容易在水中分解，且臭氧消毒设备昂贵。
3、辐射消毒法
辐射消毒是利用电离辐射杀灭致病微生物的能力对一次性医疗用品进行消毒。紫外线消毒用于医疗废水处理的原理：利用紫外线光子的能量破坏水中的各种病毒和细菌的遗传物质DNA，破坏其DNA结构，达到消灭病菌的目的。该种医疗废水处理方法的优点是费用低、投资小、时间短。
4、生物滤池法
医疗废水主要来自手术室、病房、洗衣房等，其主要的污染物为病毒、微生物及其有机污染物。医院可采用生物滤池污水处理方法，生物滤池具有生物降解反应和过滤双重功能、生物活性高、量大、抗冲击能力强的特点。