在模块化洁净室内，虽然整体是密闭结构，但在生产或实验过程中，免不了要和模块化洁净室外进行接触。货物进入模块化洁净室内只能通过特殊的通道，如果是大件的物品，可以用货淋室，如果是小件物品，则可以选择使用传递窗。
在模块化洁净室内，货淋室有手拉门货淋室、平移门货淋室、以及PVC快速卷帘门货淋室。这三者的区别在门上，手拉门是较为普通的货淋室，需要操作人员手动推拉门。自动平移门则不需要手动操作，但是要配备轨道，较为占地方。现在使用较多的是PVC快速卷帘门货淋室。它的主要特点是自动感应，开门速度很快，可快速吹淋后进入模块化洁净室。速度可达0.2-2m/s，为了防止大型货物的碰撞，还可以配备防撞栏杆。之前快卷门的价格较高，现在则有所降低，因此受到客户的普遍欢迎。
模块化洁净室货淋室安装在模块化洁净室内的货淋室，它的尺寸包括宽、深、高均可根据产品进行设计，主体材质为冷轧钢板静电喷涂或不锈钢，可使用单面吹淋、双面吹淋、或者是三面吹淋。
供小件物品进入模块化洁净室的传递窗，分为普通传递窗、风淋传递窗、层流传递窗，材质多为SUS不锈钢、冷轧钢板等，一般具有互锁功能。其中风淋传递窗还具有除尘功效，采用初效、高效两级过滤系统。层流传递窗适用于GMP制药车间，洁净等级百级。
模块化洁净室传递窗